Sistem pendidikan Imam Nawawi Boarding School dirangkai untuk dapat mempersiapkan dan memberi bekal siswa memasuki masa akil baligh mereka. Kami mengidentifikasi lima pokok target pendidikan yang harus dituntaskan untuk masa persiapan ini, yaitu :

1. Ketuntasan ilmu diniyah
Mempelajari ilmu agama dimulai dengan mengajarkan dan menanamkan tauhid, iman, aqidah dan manhaj yang lurus. Menuntaskan sirah nabi, fiqh, sejarah, dan hadits.

2. Ketuntasan umum
Membekali kompetensi dasar matematika dan IPA, engetahuan sosial (ekonomis, sejarah, dan geografi). Sebagai bekal melanjutkan studi

3. Ketuntasan Bahasa Arab dan Inggris

• Bahasa arab, sebagai bekal mereka mempelajari agama dan atau dunia mereka. Meliputi Percakapan, Istima’ dan Imla, Kaidah Shorof & Nahwu.
  
• Bahasa Inggris sebagai bekal mereka nanti mempelajari ilmu umum. Meliputi komunikasi lisan dan tulisanu umum. Meliputi komunikasi lisan dan tulisan

4. Pembentukan Adab, akhlak, dan karakter penuntut ilmu
Meliputi kemandirian dan tanggung jawab, keberanian dan kepercayaan diri yang tumbuh dari iman dan kebenaran. Sikap taslim kepada Allah dan rosul-Nya dalam perkara agama, sikap ilmiah, serta sikap kreatif dan inovatif dalam perkara dunia yang mubah.

5. Penelusuran minat, bakat, dan kemampuan siswa
Jenjang Imam Nawawi Boarding School atau marhalah lima adalah akhir dari pendidikan umum, yaitu pendidikan yang berlaku sama untuk semua siswa, setelah ini siswa harus mampu memilih jurusan atau spesialisasi mereka. Maka kami berupaya menggali bakat, minat dan kemampuan siswa yang dengannya siswa dan orang tua tidak lagi galau memilih studi lanjutan, apakah memilih diniyah atau umum, SMK atau SMA, Al Quran atau bahasa, atau diniyah atau hadits, IPA, IPS, atau bahasa.